Aus wissenschaftlicher Sicht gibt es beim Collie nur zwei Farben, nämlich Sable und Tricolor. Beide sind von ihrem genetischen Ursprung her, eng miteinander verbunden, denn sie sind beide auf dem sogenannten A-Lokus zu finden. So kann man mit einem einzigen genetischen Test alle Varianten ausmachen (https://labogen.com/farbe-haarlaenge-haarstruktur-hund/a-lokus-agouti-asip-analyse/). Beide Farben werden vom sogenannten Eumelanin gebildet, während die rotbraunen Tan-Abzeichen beim Tricolor vom Phäomelanin gebildet werden. Farbgebende Zellen, Melanozyten genannt, geben dabei ihre Farbe (enthalten in sogenannten Melanosomen) an die Haarfollikel, des heranwachsenden Fells ab. Diese Zellen entstammen ursprünglich der Neuralleiste. Während der Embryonalphase sind die Vorläuferzellen (Melanoblasten) in die Haut (Epidermis) eingewandert. Interessant ist, dass es diese Zellen nicht nur in der Haut gibt, sondern z.B. auch in der Mundschleimhaut, dem Innenohr und der Regenbogenhaut des Auges, letztere um die Hörfähigkeit zu ermöglichen und die Sehfähigkeit zu unterstützen. Beim Collie ist der Kopf immer farbig, dann folgt, wie bei den meisten sogenannten Hütehunde Rassen, eine Unterbrechung durch den weißen Kragen. Die Farbe erstreckt sich dann weiter über die Rückenpartie bis hin zur Rute und hinunter Richtung Bauch und dann die Läufe hinunter und erstreckt sich dann über die Rückenpartie bis hin zur Rute und hinunter Richtung Bauch und dann die Läufe hinunter. Die Rutenspitze ist immer weiß, meist auch die Pfoten und die unteren Teile der Läufe, manchmal hochgezogen entlang der inneren Schenkel bis hin zum Bauch.

Die Farbe Sable variiert vom hellen Gold bis hin zum tiefen Mahagoni, je nach Schattierung, Fellwechselphase (manchmal auch Jahrezeit), Lebensalter und Genetik. Oftmals hellt die Färbung nach der Geburt auf und dunkelt erst mit den Jahren wieder nach. Man unterscheidet weiter zwischen Pure Sable (auch Reine Sable genannt) und Dark Sable. Vom Aussehen her sind sie oft nicht zu unterscheiden, es sei denn, es handelt sich um sehr dunkle Dark Sable. Wie wir wissen setzt sich jedes Gen aus zwei Allelen zusammen, von denen eins von der Mutter (Eizelle) kommt und eins vom Vater (Spermium). Ein Pure Sable hat zwei Sable Allele (Ay/Ay) und ein Dark Sable hat ein Sable und ein Tricolor Allel (Ay/at), man sagt auch Tricolor-faktoriert. Da das Sable über das Tricolor dominiert, mit unvollständiger Penetranz, schimmert das Schwarz des Tricolor Allels mehr oder weniger stark durch, so dass je nach Intensität hellere oder dunklere Dark Sable entstehen. Besonders farbintensiv sind bei Sable meist mit den Jahren die Rückenpartie und eine Art Maske, die sich von der Stirn über die Ohren bis zum Hinterkopf und -seiten erstreckt. Beim Kurzhaarcollie Welpen bildet sich die Maske erst später aus. Dort, wo es sicher ist, dass es sich um einen Dark Sable handelt, auf Grund einer sehr dunklen Färbung und/oder da ein Elternteil Tricolor ist oder nachgewiesen durch einen Gentest, wird das Wort Dark vor das Wort Sable gesetzt. Das Gleiche gilt für Pure Sable, hier kann man nur über einen Gentest sicher gehen (s.o.). Alle anderen werden unter der Bezeichnung Sable zusammengefasst, ohne weiteren Zusatz.

Beim Tricolor erstreckt sich die schwarze Färbung von der Nase über die Augen- und Stirnpartie, über die Ohren, bis hin zum Hinterkopf und -seiten. Weiter geht es, wie beim Sable, entlang des Halses (hinter dem weißen Kragen), über den gesamten Rücken bis hin zur Rute (bis auf die Spitze) und meist dem oberen Teil der Läufe, zum Teil bis weit hinunter. Beim Tricolor gibt es noch die Besonderheit, dass sich zum Bauch hin und dort wo die Schwarzfärbung an den Läufen endet, sich für gewöhnlich noch rotbraunes Fell anschließt, bevor es meist ins Weiße übergeht, wie an den Pfoten und zum Teil noch hochgezogen bis an die Läufe. Auch am Kopf findet man rotbraune Partien, entlang der Wangen und Kehle und meist auch innen an den Ohren. Diese loh-farbenen Partien werden auch Tan-Abzeichen genannt und haben dem Tricolor seinen Namen gegeben, mit seiner Dreifarbigkeit. Da das rezessive Tricolor Allel nur sichtbar werden kann in seiner schwarzen Ausprägung der Fellfarbe, darf es nicht von einem dominanten Sable Allel überlagert werden (sonst wäre es ein Dark Sable). Das heißt beide Allele müssen das Tricolor sein (at/at), ohne ein Sable Gen dabei. Das geht nur, wenn beide Elterntiere jeweils ein Tricolor Allel beisteuern. So fallen Pure Sable mit ihren Ay/Ay Allelen als mögliche Elterntiere heraus. Ein Dark Sable mit seinen Allelen Ay/at steuert schon mal eine 50%ige Möglichkeit herbei, dass er ein Tricolor Allel (at) weitergibt. Die 50%ige Wahrscheinlichkeit bleibt auch bestehen, wenn der Zuchtpartner ein Tricolor ist. Ist der andere Elternteil auch ein Dark Sable, dann sinkt die Wahrscheinlichkeit auf 25%. Die Zahlen im Text und in den nachfolgenden Tabellen sind immer theoretischer Natur. Da die Weitergabe der Merkmale immer zufällig erfolgt sieht die tatsächliche Farbverteilung oft anders aus. Hier wird immer nur die Wahrscheinlichkeit wiedergegeben, mit der Welpen in den einzelnen Farben geboren werden können: